Zwiebeln in sehr dünne Scheiben schneiden (auf Wunsch kann dies auch auf einer Mandoline erfolgen).
Einen mittelgroßen Topf oder eine Bratpfanne mit hohem Rand bei mittlerer Hitze erhitzen. Fügen Sie das Olivenöl hinzu und drehen Sie es, sobald es warm ist, auf mittlere bis niedrige Stufe, fügen Sie die Zwiebeln hinzu und bestreuen Sie es mit Salz und Zucker. Unter gelegentlichem Rühren kochen, bis die Zwiebeln karamellisiert und goldbraun sind. Dies kann etwa 25 bis 30 Minuten dauern.
Wein und Balsamico-Essig angießen. Löschen Sie die Pfanne, indem Sie alle gebräunten Reste vom Pfannenboden abkratzen. Gemüsebrühe unterrühren. 4 Zweige Thymian dazugeben und mit Salz und Pfeffer verrühren.
Linsennudeln, Wasser und Tamari hinzufügen. Bei starker Hitze zum Kochen bringen, dabei alle paar Minuten umrühren, um sicherzustellen, dass die Nudeln nicht am Boden der Pfanne kleben bleiben, dann auf mittlere bis niedrige Stufe reduzieren, abdecken und etwa 8–10 Minuten lang oder bis sie al dente sind kochen, dabei gelegentlich umrühren – Die Soße sollte die Nudeln bedecken.
Streuen Sie den Gruyère-Käse darüber und setzen Sie den Deckel wieder auf, während die Pfanne auf niedriger Stufe steht. Ein bis zwei Minuten ruhen lassen, damit der Käse schmilzt. Servieren und genießen!